W sierpniu 1938 roku Karol Wojtyła wraz z ojcem przeprowadził się do Krakowa, aby kontynuować naukę na Wydziale Polonistycznym Uniwersytetu Jagiellońskiego. Wojtyłowie zamieszkali w suterenie domu przy ulicy Tynieckiej 10. Karol ukończył pierwszy rok studiów polonistycznych, ponieważ 1 września 1939 roku wybuchła druga wojna światowa. Zaczęła się wojenna trauma. Karol Wojtyła oraz jego ojciec zdecydowali się na opuszczenie zagrożonego Krakowa. Kierowali się na wschód, aż do linii Sanu. Dzielili los tysięcy uciekinierów: towarzyszące exodusowi zmęczenie, strach, niepewność, brak wody oraz pożywienia. 17 września 1939 roku na tereny Polski wkroczyła od wschodu armia radziecka. Wrześniowy chaos sięgnął zenitu. Karol Wojtyła wraz z ojcem przerwali bezsensowną wędrówkę i powrócili do Krakowa.

W związku z narzuconym przez władze niemieckie obowiązkiem pracy z 12 grudnia 1939 roku Karol Wojtyła junior w marcu 1940 roku zatrudnił się jako goniec sklepowy w firmie krewnego Józefa Kuczmierczyka, a od 11 października 1940  roku jako robotnik w Krakowskiej Fabryce Sody Solvay (ówczesna nazwa niemiecka: Ostdeutsche Chemische Werke). Młodzi studenci zaopatrzeni zostali w uszyte przez krawcową państwa Kydryńskich plecaki, w których przynosili deputat otrzymywany z fabryki: kaszę, groch i mąkę. Praca w fabryce była bardzo ciężka – na Zakrzówku pozyskiwano wapień potrzebny do produkcji sody, który odrywano od bloków skalnych za pomocą materiałów wybuchowych. Początkowo Wojtyła ładował wapienny tłuczeń do wagoników kolejki wąskotorowej, która wiozła pozyskane surowce do fabryki w Borku Fałęckim. Karol Wojtyła pracował przy obsłudze i załadunku wagoników, układaniu torów, a także przy rozmieszczaniu materiałów wybuchowych w skałach wapiennych. Po roku pracy został przeniesiony do samej fabryki przy ulicy Zakopiańskiej i zatrudniony przy oczyszczaniu wody dostarczanej do kotłów. Nosił wiadra z wodą wapienną przez długi dziedziniec zakładu oraz przenosił worki z odczynnikami chemicznymi.

W początkowym okresie okupacji Karol Wojtyła junior zaczął znowu spotykać się z przyjaciółmi w domu państwa Kydryńskich i w domu wybitnego aktora Juliusza Osterwy, aby czytać teksty literackie i rozmawiać o teatrze. Następnie  związał się ze środowiskiem artystycznym Mieczysława Kotlarczyka, założyciela Teatru Rapsodycznego. Napisał także dramaty: w grudniu 1939 roku Dawida, a wiosną 1940 Hioba oraz Jeremiasza. Były to teksty o charakterze biblijnym i narodowym. Młody student wstąpił również w tym okresie do organizacji podziemnej Unia, na czele której stał filozof i poeta, Jerzy Braun.  W lutym 1940 Karol Wojtyła poznał Jana Leopolda Tyranowskiego, ascetę, mistyka i apostoła. Po aresztowaniu duszpasterzy z parafii na Dębnikach w dniu 23 maja 1941 roku Tyranowski prowadził samodzielnie grupy młodzieżowe skupione w Kołach Żywego Różańca.

18 lutego 1941 roku  zmarł na serce Wojtyła senior, ojciec Lolka i jedyny jego bliski krewny. Kiedy młody Karol wrócił z pracy w fabryce Solvay, nie zastał już ojca przy życiu. Karol nie był w stanie mieszkać sam w lokalu przy ulicy Tynieckiej i przeprowadził się do mieszkania państwa Kydryńskich przy ulicy Felicjanek 10. Kydryńscy otoczyli go prawdziwie rodzinną opieką. Zamieszkał ze swoim przyjacielem z polonistyki, Juliuszem – przyszłym literatem i krytykiem teatralnym  oraz jego młodszym bratem, Lucjanem, późniejszym znanym dziennikarzem, prezenterem scenicznym i publicystą. We wrześniu 1941 roku młody Wojtyła powrócił do mieszkania przy ulicy Tynieckiej i zamieszkał w nim z Mieczysławem Kotlarczykiem oraz jego żoną, którzy uciekli z Wadowic przed Niemcami i poszukiwali kwatery na terenie Generalnej Guberni. W lokalu zaczęły odbywać się próby podziemnego teatru.

Jesienią 1942 roku Karol Wojtyła podjął decyzję o wstąpieniu do Krakowskiego Seminarium Duchownego działającego w konspiracji. Dojrzewanie do myśli o kapłaństwie było procesem długofalowym i złożyło się na to wiele czynników. Ostatecznie decyzję przypieczętowała hekatomba drugiej wojny światowej. Z powodu warunków wojennych tajne seminarium mieściło się w Pałacu Arcybiskupów Krakowskich przy ulicy Franciszkańskiej 3. Jego organizatorem był ówczesny arcybiskup metropolita krakowski, Adam Stefan Sapieha zwany Księciem Niezłomnym. 9 września 1944 roku Karol otrzymał z rąk arcybiskupa  Sapiehy tonsurę, a 17 grudnia 1944 roku  pierwsze dwa święcenia niższe. W okresie studiów seminaryjnych Karol Wojtyła z inicjatywy arcybiskupa Sapiehy trzykrotnie przebywał także w Raciborowicach (małopolska, gmina Michałowice), wysyłany do ówczesnego proboszcza – księdza Józefa Jamroza.

W styczniu 1945 roku, zaraz po wyzwoleniu Krakowa z rak Niemców, młody seminarzysta Karol Wojtyła pierwszy raz od pół roku mógł odwiedzić swoich najbliższych na Dębnikach: rodzinę Kotlarczyków oraz rodzinę Szkockich. Jego domem nadal pozostała jednak Kuria Metropolitalna przy ulicy Franciszkańskiej. Studenci zajęli się porządkowaniem i remontem budynku, który ucierpiał mocno w czasie działań wojennych. Następnie przeniesieni zostali do nowej siedziby na ulicę Podzamcze 8. W marcu 1945 roku wznowił działalność Uniwersytet Jagielloński:  klerycy z tajnego seminarium stali się studentami Wydziału Teologicznego. 1 kwietnia 1945 roku Karol Wojtyła podjął obowiązki młodszego asystenta na tym wydziale, a 1 listopada 1945 roku otrzymał powołanie na stanowisko młodszego asystenta przy seminariach. Stanowisko to zajmował do dnia 31 sierpnia 1947 roku. Równocześnie w latach 1945 – 46 pełnił funkcję wiceprezesa Bratniej Pomocy Studentów UJ. Kuratorem Koła był wówczas profesor Stanisław Pigoń, a przewodniczącym Komisji Prawnej ksiądz Andrzej Maria Deskur. Metropolita krakowski, Adam Stefan Sapieha, zdecydował o wysłaniu Karola Wojtyły na dalsze studia do Rzymu. W związku z powyższym 13 października 1946 roku otrzymał on święcenia subdiakonatu, a 20 października 1946 roku święcenia diakońskie. 1 listopada 1946 roku Karol Wojtyła został wyświęcony przez Kardynała Adama Stefana Sapiehę w prywatnej kaplicy Pałacu Arcybiskupów Krakowskich. Mszę prymicyjną młody ksiądz celebrował dnia 2 listopada 1946 roku na Wawelu, w romańskiej krypcie Św. Leonarda. Był to Dzień Zaduszny, nabożeństwo zostało odprawione za dusze zmarłych rodziców oraz brata.

15 listopada 1946 roku Karol Wojtyła wraz z kolegą z seminarium, Stanisławem Starowieyskim, wyjechał na studia do Rzymu. Studenci mieszkali przy via del Quirinale 26 w Kolegium Belgijskim na Papieskim Uniwersytecie Dominikańskim.  Nauka w języku włoskim i łacińskim odbywała się w papieskiej akademii – Angelicum. W drodze na uczelnię ksiądz Wojtyła wstępował do kościoła Świętego Andrzeja na Kwirynale, aby modlić się przy grobie Świętego Stanisława Kostki. Pomagał także podczas spowiedzi w rzymskiej parafii  San Francesco Saverio w dzielnicy Garbatella. Po latach w kościele tym ustawiono pomnik przedstawiający spowiadającego Karola Wojtyłę, który jest jedynym tego rodzaju pomnikiem na świecie. Po powrocie do Polski 15 czerwca 1948 roku Karol Wojtyła objął stanowisko wikarego w małopolskiej miejscowości Niegowić. Młody wikary odprawiał msze święte, spowiadał i prowadził zajęcia z nauki religii w okolicznych wsiach.  Założył także Koło Żywego Różańca, zainicjował wybudowanie nowego budynku kościoła oraz prowadził zajęcia w kole dramatycznym. 17 marca 1949 roku Karol Wojtyła został przeniesiony do Krakowa, do parafii Świętego Floriana. Zainicjował wtedy ruch duszpasterstwa środowisk akademickich na tym terenie. Samodzielnie nawiązywał kontakty ze studentami różnych uczelni. Organizował spotkania kolędowe, Misteria Męki Pańskiej  oraz polowe msze święte podczas wycieczek z młodzieżą. Grupa najbardziej zaangażowanych studentów stworzyła następnie nieformalną wspólnotę zwaną „Środowisko”. Rozwinęło się duszpasterstwo turystyczne, które realizowane było podczas wycieczek pieszych lub narciarskich w okolice Krakowa, Wadowic  i Zakopanego. Karol Wojtyła nazwany został wujkiem. Organizowano także wyprawy w Beskidy i Bieszczady, a następnie spływy kajakowe (m. in. Brda, Czarna Hańcza, Drawa, Czarna Woda, Krutynia).  Wojtyła jako wikary organizował także zamknięte rekolekcje akademickie w klasztorach, opiekował się starszymi ministrantami oraz kontynuował pracę literacką oraz naukową. W roku 1953 ksiądz Wojtyła został wykładowcą w krakowskim Seminarium Duchownym, a w następnym roku rozpoczął pracę na Wydziale Filozoficznym Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego jako kierownik Katedry i Zakładu Etyki. Na lubelskiej uczelni był wykładowcą do 1978 roku.

Podczas wycieczki kajakowej w sierpniu 1958 roku ksiądz Karol Wojtyła otrzymał informację, iż mianowany został biskupem pomocniczym w Krakowie, a tym samym najmłodszym członkiem Episkopatu Polski. Konsekracji biskupiej dokonano 28 września 1958 roku w Katedrze na Wawelu. Jako biskup realizował obowiązki duszpasterskie: wizytacje parafii, udzielanie sakramentów  bierzmowania, święcenie księży i święcenie kościołów, przyjmowanie delegacji. Bardzo wiele uwagi poświęcił zabiegom mającym na celu doprowadzenie do wybudowania pierwszego kościoła w podkrakowskiej Nowej Hucie. Do opieki nad duszpasterstwem akademickim Karol Wojtyła dołączył z czasem troskę o duszpasterstwa środowisk inteligenckich: lekarzy, prawników, naukowców czy artystów. W latach 1962 – 1965 biskup Wojtyła uczestniczył w obradach Soboru Watykańskiego II czyli spotkaniu biskupów Kościoła Katolickiego z całego świata. W tym samym czasie, 18 stycznia 1964 roku, biskup Wojtyła otrzymał nominację na arcybiskupa metropolitę krakowskiego. Uroczysty ingres, czyli symboliczne objęcie władzy,  miał miejsce 8 marca 1964 roku w Katedrze Wawelskiej. Po trzech latach, w maju 1967 roku arcybiskup Karol Wojtyła został kardynałem.

6 sierpnia 1978 roku zmarł papież Paweł VI. Po uroczystościach pogrzebowych 25 sierpnia 1978 roku rozpoczęło się konklawe. Na papieża wybrano sześćdziesięciosześcioletniego kardynała Albino Luciani, który przyjął imię Jan Paweł I. Jego pontyfikat trwał tylko trzydzieści trzy dni. Papież zmarł w nocy z 28 na 29 września 1978 roku. Kolejne konklawe rozpoczęło się 14 października 1978 roku.

16 października 1978 r. około godziny 17:15 kardynał Karol Wojtyła wybrany został biskupem Rzymu i 264 papieżem czyli następcą Świętego Piotra. Przyjął imię Jana Pawła II.