Karol Wojtyła, będąc studentem konspiracyjnego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej, zamieszkał w Pałacu Arcybiskupów Krakowskich 10 sierpnia 1944 roku. 1 listopada 1946 roku,  w prywatnej kaplicy pałacu przyjął święcenia kapłańskie z rąk księcia kard. Adama Stefana Sapiehy. W 1958 roku ks. Karol Wojtyła został biskupem, pełniąc posługę w tutejszej Kurii Metropolitalnej. Zakończył ją dopiero 16 października 1978 roku, kiedy został wybrany papieżem. Podczas całego pontyfikatu był nadal zameldowany przy ul. Franciszkańskiej 3 w Krakowie.

Podczas każdej z pielgrzymek do Krakowa Jan Paweł II mieszkał w Pałacu Arcybiskupów Krakowskich. Nad wejściem do budynku od strony ulicy Franciszkańskiej znajduje się sławne okno, z którego Ojciec Święty pozdrawiał wiernych. Na dziedzińcu pałacu stoi dziś pomnik Jana Pawła II, dar i dzieło „Jole Sensi Croci”, odsłonięty w maju 1980 roku.