Seminarium zostało oddane do użytku w 1902 roku. Gmach zaprojektowany został przez Gabryjela Niewiadomskiego i poświęcony przez księcia kardynała Jana Puzynę. W czasie I wojny światowej mieścił się tu m.in. szpital wojskowy. Po wojnie seminarium powiększyło się o nowe budynki i pomieszczenia. Karol Wojtyła przebywał tu jako student Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej. Było to w roku 1945, już po wycofaniu się okupantów niemieckich z Krakowa.  Jako papież, Jan Paweł II  złożył wizytę w seminarium 13 sierpnia 1991 roku.