W latach 1952-58 ksiądz Karol Wojtyła był tu spowiednikiem i kaznodzieją. Pełnił regularną posługę kapłańską, mimo że nigdy nie był wikariuszem parafii Mariackiej. Spowiadał zawsze w tym samym konfesjonale – w nawie południowej, naprzeciw ołtarza z obrazem Matki Boskiej Ostrobramskiej. Jako papież odwiedził ją trzykrotnie, a w 1991 roku przy ołtarzu stojącym u jej wejścia odprawił Mszę  Świętą, podczas której dokonał beatyfikacji mistyczki,  Anieli Salawy. 17 maja 1981 roku, po zamachu na życie papieża, z Błoń pod Bazylikę przeszedł zorganizowany przez studentów Biały Marsz, w którym wzięło udział pół miliona osób. Natomiast kilka dni po śmierci Jana Pawła II, 7 kwietnia 2005 roku, spod Bazyliki na Błonia wyruszył Biały Marsz Wdzięczności.