Muzeum Św. Jana Pawła II jest częścią Muzeum Archidiecezjalnego. 23 czerwca 2013 roku odbyło się jego uroczyste otwarcie, w siedzibie przy Sanktuarium Jana Pawła II w Łagiewnikach. Znalazły się tam przede wszystkim rzeczy osobiste Ojca Świętego oraz tzw. Dary Papieskie, czyli przedmioty, które otrzymywał podczas swych licznych podróży apostolskich. Zrekonstruowano tutaj także sypialnię Karola Wojtyły, którą posiadał jeszcze jako metropolita krakowski, urzędując w Pałacu Arcybiskupim przy ul. Franciszkańskiej 3 w Krakowie.